教会神父们将同性性行为视为比私通更为严重的罪恶，后者至少“符合自然”。在《罗马书》中，保罗谴责那种人“弃了女人顺性的用处，欲火攻心，彼此贪恋，男和男行可羞耻之事”，他们将“顺性的用处变为逆性的用处”。尽管如此，直到538年，在号称“新”罗马的君士坦丁堡，查士丁尼大帝将基督教伦理融入罗马法，才将同性性行为宣布为不法行为。查士丁尼害怕，此种行为若盛行，将会使帝国发生“饥荒、地震和瘟疫”。不过，这项法律几乎没有得到执行。
而且，在之后的五个世纪中，专门立法禁止同性性行为的基督教国家很少。在某种程度上，这是因为教会与世俗政府都认为同性性行为与其他形式的“鸡奸”并无不同，而后者已被宽泛定义为包括任何形式的不正当排射精液。与之相同，这个时代的悔罪规则书几乎没有专门规定同性性行为是罪恶，将之与其他形式的鸡奸行为区分开来。比如，六世纪的《胜利之路会议》规定，肛交赎罪四年，腿交赎罪三年，相互手淫赎罪两年，不过，这些处罚措施在适用时并不考虑行为人是异性还是同性。有罪的是这些行为，而非参与者的性别。
十一世纪时，情况发生了变化。对这个问题所持观念的变化，最终对美国人对待同性性行为的态度和法律产生了深刻影响，所以值得给予密切关注。
究竟是什么原因引起教会对同性性行为的突然关注，目前仍不清楚，不过，当时的教会十分担心，在它对神职人员提出禁欲的新要求时，或许会导致神职人员之间的同性性行为增加，而这些人很可能继而污染普通教众。圣彼得·达米安是热忱的宗教改革运动家，催生了世人所知的第一次专门直接针对同性性行为的辩论，他在《蛾摩拉之书》中强烈抨击了十一世纪时神职人员的堕落。达米安区分了四种“违逆自然的性欲”，它们属于“邪恶性事”的组成部分：手淫、互相手淫、腿交和肛交。这一切性行为可以发生在异性之间，也可以发生在同性之间，但是达米安关注的重点是同性性行为。他坚称，男子之间发生的“从身后进入的”私通行为，在道德上甚至比人兽交还要恶劣，因为“人兽交只会将他自己罚入地狱，而不会把他人罚入地狱”。达米安宣称，此种行为应当处以死刑。第一个创造“鸡奸”术语的人，正是达米安。
但是，在之后两个世纪中，“鸡奸”和“违逆自然的性”的说法，却显得太过含糊。它们被用来宽泛且混乱地描述许多遭到禁止的性行为，既包括异性之间，也包括同性之间。比如，十二世纪中叶，首屈一指的教会法学家格兰西，继续交替使用这些说法，尽管他很清楚，最严重的性罪恶是肛交——“男人使用妻子身上本非用于那种用途的器官”。十二世纪末，教宗亚历山大三世召集第三次拉特兰会议，将“违逆自然的性罪恶”等同于鸡奸所带来的毁灭性，但仍未准确界定这项罪恶。
1220年，匈牙利的保罗在影响深远的著述《赎罪大全》中，在援引奥古斯丁和格兰西后得出结论说，鸡奸是比乱伦更严重的罪恶。保罗解释道，之所以如此，是因为与母亲发生性关系是“符合自然的”，从某种意义上说，没有发生精液的浪费，反之，根据定义，鸡奸是“违逆自然的”。保罗补充道，鸡奸如此盛行，“引来饥荒、瘟疫和地震”。保罗认为，鸡奸应当处以死刑，因为所多玛的故事已如此教导，上帝降下惩罚，不仅是对身负此种特别罪恶的罪人，也是对未能阻止罪恶的其他人。所以，人们若想生存，需要教会与国家消灭鸡奸这种祸害。
但是，究竟什么行为可以构成“鸡奸”，仍然不甚明朗。
教会对同性性行为的态度变得很强硬，最应该对此负责的人，是将奥古斯丁思想系统化并加以拓展的著名神学家托马斯·阿奎纳。1259年，时年三十五岁左右的阿奎纳离开了巴黎，他曾在此担任神学教师，备受推崇。他来到罗马，创立了一座新的大学。在之后十五年中，他撰写了震惊世人的《神学大全》，在很大程度上改写了整个基督教道德神学体系。虽然阿奎纳尚未完成《神学大全》便与世长辞，但这本书所蕴含的能量和讨论的范围无与伦比。奥古斯丁为教会神父们对性的厌憎提供了理由，他提出，唯有为了婚内生育而发生的性关系，才能得到承认，与此相同，阿奎纳提供了一项理由，以证实在上帝的眼中同性性行为尤为可鄙。
阿奎纳假设，上帝制定了自然秩序，每一项事物都完全符合它的正当目的；上帝创造了自然的性交，它是自然秩序的组成部分，唯一的目的就是生育后代；人类不应违反自然秩序；因而，人类不应有不符合生育后代目的的任何性行为。而且，“正当理性”已经明确，最重要的一点是，性快乐是在用欲望（拉丁语：luxuria）让思想堕落。性快乐不符合自然秩序，即使它们存在的目的是生育后代。
阿奎纳将欲望定义为无节制追求性快乐的罪恶。他解释说，性事本身并无罪恶，只要人们的性生活是为了正当的目的（繁衍生息）、采用适当的方式（传教士体位的阴道性交）。阿奎纳将欲望分为六种相互独立的行为：单纯的私通，通奸，乱伦，夺取处女的童贞（拉丁语：stuprum），强奸，违逆自然的邪恶（拉丁语：vitium contra naturam）。前五种是不可饶恕的大罪，但严重程度都不如违逆自然的邪恶，因为，它们仍然属于自然的性交（在阴道之内射精）。违逆自然的罪恶更为严重，因为它们是对上帝的冒犯。
阿奎纳进一步详细陈述他的分类系统，确定了四种违逆自然的邪恶：（1）对自己的欲望（手淫）；（2）与异性之间的除“自然”方式之外的欲望；（3）对同性的欲望；（4）对其他物种的欲望（人兽交）。阿奎纳以罪恶的严重程度为序，将这四种违逆自然的邪恶排了位次。
阿奎纳采取的关键步骤，是将重点从不考虑参与者性别的罪恶性行为（互相手淫、口交、肛交），转变为明确区分异性性行为与同性性行为。在他的分类中，两名男子之间的口交或者肛交，比异性之间的同样行为，其罪恶要深重得多。
十六世纪时，《神学大全》已经成为基督教神学最为重要的权威。阿奎纳被尊为基督教道德的“保证人”，曾经存在分歧的基督教道德问题，而今已“记载于教义之中”。1563年，在特伦托会议上，教会将阿奎纳的观点认可为最终权威，成为正式的教义。
自何时起，同性性行为不仅仅是一种罪恶，也成为一种犯罪了？这个问题很重要，因为罪恶仅仅是令信众感到恐惧，而成为犯罪，却会令所有人感到恐惧。十三世纪，宗教法庭正式设立，教会在迫害异端时，日渐获得世俗政权的帮助。这种迫害部分是由十字军东征导致的担忧引发的，不仅仅针对基督教内部的异端，同时也针对穆斯林、犹太人和同性恋者。随着宗教法庭的进一步发展，教会试图在全欧洲推行宗教大一统，日益将异端与“最邪恶的”罪恶联系在一起，开始对宗教异见人士提起存在鸡奸行为的指控。日复一日，“针对宗教异见的战争，注定会与针对同性恋的战役联系在一起”。
对于同性性行为泛滥的恐惧突然大幅增加。十三世纪晚期，一则同性性丑闻震惊了巴黎大学，校方解雇了许多神学家与学者。鸡奸泛滥的谣言在瑞士、荷兰、意大利、法国和西班牙迅速传播开来，十五世纪时，锡耶纳的圣伯尔纳愤怒地认为，同性性行为已经达到了流行病的程度。
突然之间，整个欧洲开始刑事立法制裁同性性行为。这些立法通常会对鸡奸者处以阉刑、肢解、火刑、溺死、绞刑、石刑、斩首或者活埋。卡斯蒂利亚的一项法令规定，若发现有人犯有同性性行为的罪行，应当“当众阉割，三天后吊在支架上，直到吊死为止，尸体永不得解下”。被控存在同性性行为的人，成为一项“消灭计划”的对象，与之一并成为攻击对象的还有异教徒和女巫。在这个时期的大部分欧洲地区，同性性行为从合法行为——尽管是罪恶的——转变为受到死刑惩罚的犯罪行为。
这是教会首次将基督教的性道德直接确立为世俗的刑事法律。此前的宗教罪恶，如今已成为死罪。教会利用宗教法庭，将世俗法律转变为执行基督教教义的工具。许多法律甚至专门在禁止性条款中引用了《圣经》。尽管是多方面的因素结合才导致教会对待同性性行为态度的转变，但提供关键理论依据使此次转变合法化的人，正是阿奎纳。
这个时代的神职人员的著述，基本上没有提及女性之间的同性性行为。在长达千年的中世纪，在悔罪规则书、教会法与市民法、通俗布道书中，只有不超过十余种文献有零星提及。“女同性恋”的概念尚未形成。在悔罪规则书中，完全未曾提及此种行为，而在提到女性之间的性行为时，较之男性之间的性行为，它们更为语焉不详、措辞缓和。
这部分是因为，女性之间的性行为，如同女性手淫一样，并没有射精。在此种意义上，对中世纪的基督教而言，它与男性的鸡奸行为截然不同。而且，教会法学家很难理解，没有阴茎的帮助，女性如何体验欲望，因为，一般都认为，女性的性满足需要阴茎的插入。为此，悔罪规则书通常不会提及女性之间的性行为，而是重点讨论插入工具的使用。
大多数男人认为，女性之间的同性性行为，就算是罪恶，也是一种有趣的尝试，女性之所以如此行为，也是为了挑战与男性之间的真实性行为。当时有一名男子写道：“我曾经听闻许多女士说，没有什么事物能比得上男人；她们在其他女人身上并无所得，只会想着去找男人来满足自己。”
不过，也有些教会中的大人物，猛烈抨击存在同性性行为的女性。比如，十二世纪的神学家彼得·阿伯拉尔将此种行为斥之为“违逆自然秩序”，因为上帝“创造女人的生殖器是给男人用的”。尽管刑法基本上不涉及女性之间的同性性行为，但还是出现了一些指控，惩罚结果也很严厉。西班牙的两名修女因为一起使用“工具”，被活活烧死；法国的一名女子冒充男人，在她的假阴茎被发现后，也被活活烧死。
许多基督徒将之与巫术联系在一起，这可不是可以一笑了之的事。1298年，教会援引《出埃及记》中的禁令——“行邪术的女人，不可容她存活”——发动了一场声势浩大的运动，抓捕并烧死了许多女巫。《女巫之锤》（malleus maleficarum）是指导如何发现女巫的最重要手册，它宣称，“所有巫术都源自原始欲望，女人对此永不餍足”。数百名、也可能是数千名女子遭受了酷刑，并被烧死在十字架上，因为据说她们“与魔鬼有性交和鸡奸行为”，“受魔鬼之命，与其他人类有鸡奸行为”。